Zmutovaní želví kluci se vracejí na filmové plátno. A ve velkém stylu. Animovanou akční komedii zdobí originální vizuální styl a vtipné hlášky komika Setha Rogena, který k filmu Želvy Ninja: Mutantí chaos napsal scénář.

Kdyby nepřišli do kontaktu se záhadným zeleným slizem, byli by obyčejnými želvami z kanálu. Kdyby nepotkali zmutovaného krysáka Mistra Třísku, nestali by se mistry bojových umění a jmenovci legendárních renesančních umělců – Donatello (Donnie), Michelangelo (Micky), Leonardo (Leo) a Rafaelo (Raf). Jinak jsou to ale úplně normální teenageři, kteří milují dobrodružství a nesnášejí nudu. Té mají poslední dobou poměrně dost, protože Mistr Tříska je úzkostlivě střeží v jejich kanálovém doupěti. Má totiž celkem oprávněný strach, že by je lidi nepřijali. Jenže i sebelepší opatření má své skuliny a jednou takovou želví kluci proniknou a narazí na April, obyčejnou lidskou holku, která sní o tom, že se stane neohroženou reportérkou. Spolu s ní se rozhodnou vyrazit po stopách Supermouchy, tajemného vládce podsvětí, na kterého je policie krátká. April věří, že díky tomu konečně prorazí, a želví kluci zase doufají, že jako superhrdiny je svět snáz přijme. Nikdo z nich bohužel nepočítal s tím, že Supermoucha je obklopen armádou zmutovaných bouchačů, kteří se takových zelenáčů rozhodně neleknou.